Obszar gminy przecinają dwie głębokie rynny polodowcowe. Pierwsza z nich- północna przebiega z północnego-zachodu na południowy-wschód. Płynie nią Struga Wierzenicka, która przepływając przez jeziora: Kołatkowskie ( 106 ha ), Stęszewskie ( 86 ha ), Wronczyńskie Duże ( 36,5 ha ), Wronczyńskie Małe ( 18 5 ha ) oraz Jerzyńskie ( 37,5 ha ) [ 3 ], wpływa pod Pobiedziskami do rzeki Głównej, stanowiąc jej prawy dopływ. Rynna północna biegnie dalej w kierunku Pobiedzisk i dzieli miasto na dwie części. W tej naturalnej dolinie znajdują się w granicach miasta trzy jeziora: Biezdruchowo ( 37,9 ha ), Małe ( 3,5 ha ) i Dobre ( 11,5 ha ). Rynna kończy się wśród pagórków moreny czołowej o wysokości względnej przekraczającej 20 m [ 35 ].
Druga rynna, położona w południowej części gminy, przebiega łukiem z zachodu na południowy wschód. Stanowi ją głęboko wcięta w wysoczyznę dolina rzeki Cybiny z przepięknym jeziorem rynnowym Góra ( 32,5 ha ).
Sieć hydrograficzną gminy Pobiedziska tworzą wymienione wyżej rzeki Cybina i Główna oraz 25 jezior i około 250 niewielkich oczek wodnych rozrzuconych, zarówno na terenach leśnych, jak i rolnych.
